Представляет собой желтовато-белый порошок или пластинки. Содержит около 1,5—4 % минеральных солей, 10—20 % воды и 70—80 % полисахаридов, в составе которых выявлены D- и L-галактозы, 3,6-ангидрогалактозы, пентозы, D-глюкуроновая и пировиноградная кислоты. Из агара экстрагированы агароза и агаропектин. Агар-агар не растворим в холодной воде. Он полностью растворяется только при температурах от 95 до 100 градусов. Горячий раствор является прозрачным и ограниченно вязким. При охлаждении до температур 35—40° он становится чистым и крепким гелем, который является термообратимым. При нагревании до 85—95° он опять становится жидким раствором, снова превращающимся в гель при 35—40° градусах.

В микробиологии — для изготовления плотных и полужидких питательных сред. Для получения плотных питательных сред агар добавляют в конечной концентрации от 1,5 до 3 %, полужидких — 0,3—0,7 % (вес/объём). Агар не расщепляется большинством микроорганизмов при культивировании. Полноценный продукт не ингибирует рост микроорганизмов и не изменяет питательную ценность сред. Неочищенный агар может привести к образованию неполноценного геля и даже ингибированию роста микроорганизмов. Поэтому для иммунологических и бактериологических целей надо использовать вымороженный осветлённый агар ГОСТ 17206-96 высшего и первого сорта с плотностью геля не ниже 3,20 г/см². Кроме того, агаровый гель применяют для электрофореза ДНК, иммуноэлектрофореза и иммунодиффузии. В пищевой промышленности (пищевая добавка Е406) — производство кондитерских изделий (мармелад, зефир, жевательные конфеты, пастила, начинки, суфле), диетических продуктов (джем, конфитюр), супов, мороженого. В Юго-Восточной Азии используется вместо желатина, который там не применяется[источник не указан 169 дней]. В медицине — так как агар-агар плохо переваривается, его (в более высокой дозировке, чем в пищевой промышленности) используют в качестве мягкого слабительного.

Агар-агар поставляется в коробках по 25 кг. Хранят агар-агар в закрытых хорошо проветриваемых помещениях вдали от влаги и прямых солнечных лучей.